研究方向聚焦于园艺植物和园林入侵植物关键性状发生的分子机制及生态后果，擅长整合分析表型性状、环境变异及基因组反应规范等多维数据，解析适应性及病害抗性发生的生态-发育途径、进化意义及潜在利用价值。 自2022年由复旦大学引进至云南农业大学以来，主持国家自然科学基金地区项目1项、国家重点研发计划子课题1项、云南省基础研究计划面上项目2项、省级重点实验室开放课题2项，参与国家级和省部级重大科研项目多项。近五年来，围绕外来植物环境适应、种质资源利用等研究主题，在Horticulture Research、Biological Invasions、Internantional journal of molecular science等期刊发表学术论文16篇，申请专利5项，并作为企业科技特派员为我省花卉产业发展贡献力量。
代表性项目如下（限5项） （1）国家自然科学基金委员会，国家自然科学基金地区项目,32560268，外来入侵植物喜旱莲子草生态位漂移的多元可塑性调节机制，2026-01-01 至 2029-12-31，32万元，主持； （2）中华人民共和国科学技术部，国家重点研发计划子课题，2022YFF130240201，高黎贡山外来植物入侵现状综合调查，2022-09-01 至 2025-08-31，30万元，主持； （3）云南省科技厅，云南省基础研究计划面上项目，202301AT070494，MicroRNA介导的喜旱莲子草多元/多维表型可塑性变异，2023-06-01 至 2026年-05-31，10万元，主持； （4）云南省科技厅，云南省农业联合专项，202501BD070001-056，基于近缘种比较挖掘黑籽南瓜枯萎病抗性关键基因，2025年06-01 至 2028年-05-31，10万元，主持； （5）山东省逆境植物重点实验室开放课题，我国干旱、寒冷地区榆树种质资源收集、鉴定及耐逆机制挖掘, 2023-01-01 至 2024-12-31 8万元，主持。
代表性论文如下（限10篇）： l （1）Xuejiao Li, Yinqi Siman, Yan Zhao, Lvchun Peng, Hongzhi Wu, Wenling Guan, Jingli Zhang, Yanfei Cai, Zhengan Yang, Gengyun Li*, Jing Meng*, Shuilian He*. Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection. Horticulture Research,2025, uhaf152. （2）Gengyun Li, Jiamei Zou, Tianrui Gong, Xuejiao Li, Jing Meng, Jie Zhang, Bin Xu and Shuilian He*，Evaluation of figleaf gourd and white-seeded pumpkin genotypes as promising rootstocks for cucumber grafting. Horticulturae,2025, 11(7),778. （3）Gengyun Li; Ruiwen Li; Takahiro Yonezawa; Jiaqi Wu; Jun Nishihiro; Katsuki Nakai; Gang Wang; Qian Gu; Yupeng Geng*. Conserved genetic background but geographically diferentiated DNA methylation patterns in invasive alligator weed (Alternanthera philoxeroides) populations of China and Japan. Biological Invasions,2024, 26, 2351–2365. （4）Gengyun Li; Yunrong Mo; Jungeng Lv; Shu Han; Wei Fan; Ying Zhou; Zhengan Yang; Minghua Deng; Bing Xu*; Yanyan Wang*; and Kai Zhao*. Unraveling verticillium wilt resistance:insight from the integration of transcriptome and metabolome in wild eggplant. Frontiers in Plant Science,2024, 15:1378748. （5）Gengyun Li, Tiantian Zheng, Gang Wang, Qian Gu, Xuexiu Chang, Yu Qian, Xiao Xu, Yi Wang, Bo Li* and Yupeng Geng*. Transgenerational Plasticity Enhances the Tolerance of Duckweed (Lemna minor) to Stress from Exudates of Microcystis aeruginosa. International Journal of Molecular Science, 2024, 25(23), 13027. （6）Gengyun Li; Longjie Cheng; Zhilin Li; Yiran Zhao; Yuying Wang. Over-expression of CcMYB24, encoding a R2R3-MYB transcription factor from a high-leaf-number mutant of Cymbidium, increases the number of leaves in Arabidopsis. PeerJ, 2023,11: e15490. （7）Gengyun Li; Yuewan Zhao; Fei Liu; Minnuo Shi; Yabin Guan; Ticao Zhang; Fangqing Zhao; Qin Qiao; Yupeng Geng. Transcriptional memory of gene expression across generations participates in transgenerational plasticity of field pennycress in response to cadmium stress, Frontiers in Plant Science, 2022, 13: 689192 （8）Gengyun Li, Ying Deng, Yupeng Geng, et al. Differentially Expressed microRNAs and Target Genes Associated with Plastic Internode Elongation in Alternanthera philoxeroides in Contrasting Hydrological Habitats. Frontiers in Plant Science, 2017, 8: 2078. （9）邹佳梅; 司满银祺; 罗中元; 李雪娇; 毛芳; 贺水莲; 李耕耘*. 乙烯利和油菜素内酯对灰霉菌胁迫下月季品种‘艾莎’抗性的影响 . 湖南农业科学, 2024（12）：77-82. （10）邹佳梅; 司满银祺; 罗中元; 李雪娇; 毛芳; 贺水莲*; 李耕耘*. 月季BSK基因家族鉴定及其成员RcBSK1在灰霉病抗性中的功能分析.南方农业学报, 2026：
代表性专利如下（限5项）： （1）一种防治作物枯萎病的组合物及应用，202411632476.7. 排名第一； （2）一种大白杜鹃无菌叶片离体再生体系建立的方法，202211465216.6，排名第四； （3）一种基于体细胞胚途径获取黑籽南瓜胚性愈伤组织的方法，202211458085.9，排名第四； （4）一种快速鉴定黑籽南瓜资源枯萎病抗性的方法，202211465216.6，排名第四； （5）叶斑艺兰花CcMYB24基因的应用，202210950505.9，排名第七。
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